วัดอรุณราชวรารามหรือวัดแจ้ง เดิมชื่อวัดมะกอกเป็นวัดโบราณที่มีมาตั้งแต่ครั้งกรุงศรีอยุธยา โดยปรากฏในแผนผังเมืองและป้อม ที่ชาวต่างชาติเขียนไว้ตั้งแต่สมัยพระบาทสมเด็จพระนารายณ์มหาราช เล่ากันว่าเหตุที่วัดมะกอก ได้รับพระราชทานนามใหม่ว่าวัดแจ้งนั้น สืบเนื่องมาจากที่สมเด็จพระเจ้าตากสินมหาราช ได้ทรงล่องเรือมาตามลำน้ำเจ้าพระยา เพื่อหาชัยภูมิที่ตั้งพระนครแห่งใหม่ และเมื่อถึงบริเวณวัดมะกอกนั้นเป็นเวลารุ่งแจ้งพอดี ซึ่งถือว่าเป็นมงคลฤกษ์ จึงหยุดนำไพร่พลขึ้นพัก และได้เลือกบริเวณนั้นเป็นราชธานีแห่งใหม่ วัดแห่งนี้จึงกลายเป็นวัดในเขตพระราชฐาน จากนั้นได้โปรดเกล้าฯ ให้สถาปนาใหม่ทั้งพระอาราม มีพระประสงค์จะให้เป็นเขตพุทธาวาสแบบเดียวกับวัดพระศรีสรรเพชญ์ของกรุงศรีอยุธยา แล้วพระราชทานนามใหม่ว่า "วัดแจ้ง" เพื่อให้มีความหมายถึงการที่เสด็จถึงวัดนี้ในตอนรุ่งอรุณ

วัดแจ้งจึงได้มีฐานะเป็นพระอารามหลวง สำคัญของแผ่นดินมาตลอดสมัยธนบุรี เมื่อครั้งที่พระบาทสมเด็จพระพุทธยอดฟ้าจุฬาโลกมหาราช ขณะดำรงพระอิสริยยศเป็นสมเด็จพระยามหากษัตริย์ศึก อัญเชิญพระแก้วมรกตมาจากเวียงจันทน์ ใน พ.ศ.2322 ก็ได้มีการ สมโภช และประดิษฐานไว้ ณ วัดแห่งนี้

ในปลายรัชสมัยสมเด็จพระเจ้าตากสินมหาราช เมื่อพระยาสรรค์ก่อการกบฏขึ้น สมเด็จพระเจ้าตากสินมหาราช ทรงถูกคุมพระองค์มาผนวชที่วัดนี้ รวมทั้งถูกจับสึกที่วัดนี้เช่นกัน เพื่อนำไปสำเร็จโทษที่ป้อมวิไชยประสิทธิ์ในเวลาต่อมา

เมื่อถึงสมัยรัตนโกสินทร์ พระบาทสมเด็จพระพุทธยอดฟ้าจุฬาโลกมหาราช โปรดให้ย้ายราชธานีมายังฝั่งตรงข้ามกับกรุงธนบุรีเดิม พร้อมทั้งอัญเชิญพระแก้วมรกตมาประดิษฐาน ณ วัดพระศรีรัตนศาสดาราม และให้อาราธนาพระสงฆ์ผู้ใหญ่จากวัดบางว้าใหญ่ หรือวัดระฆังโฆษิตาราม มาครอง พร้อมกันนั้นก็โปรดให้ พระบาทสมเด็จพระพุทธเลิศหล้านภาลัยซึ่งเสด็จไปประทับ ณ พระราชวังเดิม เป็นองค์อุปถัมภ์วัดแจ้งด้วย ซึ่งพระองค์ได้ทรงบูรณะปฏิสังขรณ์วัดแจ้งใหม่หมดทั้งหมด (ขณะนั้นยังดำรงอิศริยยศเป็นสมเด็จพระเจ้าลูกยาเธอเจ้าฟ้ากรมหลวงอิศรสุนทร) มีวิวัฒนาการเป็นแบบไทยอย่างสมบูรณ์ ประดับผิวภายนอกด้วยกระเบื้องเคลือบทั้งหมด มีความสูงถึง 67 เมตร จากเดิมที่สูงประมาณ 15 เมตร

วัดอินทารามวรวิหารเป็นวัดโบราณที่มีมาตั้งแต่สมัยอยุธยา ชาวบ้านเรียกว่า "วัดบางยี่เรือนอก" หรือ "บางยี่เรือไทย" หรือ "วัดสวนพลู" (ที่เรียกว่าวัดสวนพลู เนื่องจากแต่เดิม ที่ดินใกล้เคียงกับวัดเป็นสวนปลูกพลู) เพราะหากล่องเรือมาจากอยุธยา จะถึงวัดอินทารามหลังสุดในบรรดาวัดที่ตั้งเรียงกันอยู่ 3 วัด ขณะที่จะเรียกวัดราชคฤห์ว่า "บางยี่เรือใน" และวัดจันทารามว่า "บางยี่เรือกลาง"

วัดอินทารามเป็นวัดหลวงสำคัญอันดับหนึ่งในแผ่นดินกรุงธนบุรี จัดว่าเป็นวัดประจำรัชกาล ของสมเด็จพระเจ้าตากสินมหาราช ซึ่งได้ทรงบูรณะเป็นพระอารามหลวงชั้นหนึ่งทรงสร้างหมู่กุฏิและถวายที่ดินให้เป็นธรณีสงฆ์เป็นจำนวนมาก แล้วโปรดให้นิมนต์พระเถระ ฝ่ายวิปัสสนามาจำพรรษา เพราะมีพระราชประสงค์ จะให้เป็นศูนย์กลางฝึกสมาธิทางวิปัสสนากรรมฐานของประเทศ และใช้ประกอบงานพระราชพิธีสำคัญๆ ต่างๆ มีพระเจดีย์กู้ชาติคู่หนึ่ง ตั้งอยู่หน้าพระอุโบสถหลังเก่า ภายในเชื่อกันว่าบรรจุพระบรมอัฐิ ของสมเด็จพระเจ้าตากสินมหาราชและพระอัครมเหสี ส่วนพระอุโบสถหลังเก่า มีพระพุทธรูปปางตรัสรู้เป็นพระประธานของพระอุโบสถ บรรจุพระบรมราชสรีรังคาร หรือ เถ้ากระดูกของพระองค์

วัดระฆังโฆสิตาราม หรือวัดบางว้าใหญ่ เป็นพระอารามหลวงชั้นโท ชนิดวรมหาวิหาร เป็นวัดโบราณที่มีมาตั้งแต่สมัยอยุธยา เมื่อสมเด็จพระเจ้าตากสินมหาราชโปรดให้อาราธนาพระอาจารย์ศรีขึ้นมาจากนครศรีธรรมราช ทรงสถาปนาให้เป็นสมเด็จพระสังฆราช และประจำที่วัดนี้รวมทั้งมีการเสาะหาพระไตรปิฎกจากภาคใต้ และที่อื่นๆ มากระทำสังคายนาตรวจทานเพื่อใช้เป็นฉบับหลวงที่วัดนี้ แต่ยังไม่ทันได้สำเร็จก็สิ้นรัชกาลเสียก่อน อย่างไรก็ตาม การครั้งนี้ก็ได้เป็นประโยชน์ต่อการสังคายนาพระไตรปิฎกในรัชกาลต่อมา

เมื่อพระเจ้าตากสินมหาราชสวรรคตแล้ว พระตำหนักทองที่ประทับของพระองค์ในพระราชวังเดิม ได้ถูกรื้อมาปลูกเป็นพระตำหนักที่ประทับของสมเด็จพระสังฆราช (ศรี) ที่วัดแห่งนี้ ตามประเพณีที่ถือปฏิบัติกันมาแต่ครั้งกรุงศรีอยุธยา แต่ได้ถูกไฟไหม้ไปในรัชกาลที่ 3 พร้อมๆ กับพระอุโบสถหลังเดิมและหมู่กุฏิสงฆ์ ส่วนพระตำหนักแดงซึ่งเจ้าฟ้ากรมหลวงอนุรักษ์เทเวศน์ พระโอรสในกรมพระยาเทพสุดาวดี ทรงถวายให้กับวัดนี้ แต่เดิมที่ฝาประจันของพระตำหนัก มีภาพซากศพและภิกษุเจริญกรรมฐานเขียนอยู่ ซึ่งขณะนี้ได้เลือนไปหมดแล้ว สมเด็จกรมพระยาดำรงราชานุภาพได้สันนิษฐานไว้ว่า น่าจะเคยเป็นที่ประทับทรงกรรมฐาน ของสมเด็จพระเจ้าตากสินมหาราชมาก่อน