เมื่อการบูรณะได้ดำเนินการมาระยะหนึ่ง คณะกรรมการโครงการบูรณะโบราณสถานในพระราชวังเดิม เห็นสมควรให้จัดตั้งมูลนิธิ เพื่อให้การดำเนินงานต่างๆ เป็นไปได้อย่างคล่องตัว จึงได้ขออนุญาตจัดตั้ง "มูลนิธิอนุรักษ์โบราณสถานในพระราชวังเดิม" ต่อสำนักงานวัฒนธรรมแห่งชาติ และกระทรวงมหาดไทยซึ่งได้รับอนุญาตให้ดำเนินการได้ เมื่อวันที่ 13 สิงหาคม พ.ศ.2539 (ตามใบอนุญาตให้จัดตั้งสมาคม หรือองค์กรเลขที่ ต.305/2539 ลงวันที่ 13 สิงหาคม พ.ศ.2539) และกระทรวงมหาดไทยได้อนุญาตให้จดทะเบียนจัดตั้งให้มูลนิธิฯ มีฐานะเป็นนิติบุคคลเมื่อวันที่ 30 สิงหาคม พ.ศ.2539 เลขทะเบียนลำดับที่ กห 552 (ตามหนังสือกระทรวงมหาดไทยที่ มท.0310.2 /14359 ลงวันที่ 30 สิงหาคม พ.ศ.2539)

มูลนิธิอนุรักษ์โบราณสถานในพระราชวังเดิมใช้ชื่อย่อว่า "มอ.วด." เรียกเป็นภาษาอังกฤษว่า "Phra Racha Wang Derm Restoration Foundation" (P.R.R.F.) เครื่องหมายของมูลนิธิฯคือ รูปท้องพระโรงพระราชวังเดิมอยู่ภายในกรอบวงกลม และมีชื่อของมูลนิธิฯ ปรากฏอยู่ด้วย

ปัจจุบันสำนักงานของมูลนิธิตั้งอยู่ที่ตำหนักพระบาทสมเด็จพระปิ่นเกล้าเจ้าอยู่หัวในบริเวณพระราชวังเดิม กองทัพเรือถนนอรุณอมรินทร์ แขวงวัดอรุณ
เขตบางกอกใหญ่ กรุงเทพฯ 10600 โทรศัพท์. 0-24754117, 0-24727291 โทรสาร.0-2466-9355

วัตถุประสงค์ของมูลนิธิฯ

1. เพื่อการอนุรักษ์โบราณสถาน รวมทั้งการปรับปรุงภูมิสถาปัตย์และสภาพแวดล้อม ในบริเวณพระราชวังเดิม
2. เพื่อส่งเสริมและสนับสนุนการศึกษาค้นคว้าวิจัยทางประวัติศาสตร์ที่เกี่ยวข้องกับพระราชวังเดิม
3. เพื่อเผยแพร่ความรู้ ข่าวสารข้อมูลทางด้านประวัติศาสตร์ ที่เกี่ยวข้องกับพระราชวังเดิม และการดำเนินงานของมูลนิธิฯ
4. ดำเนินการเพื่อสาธารณประโยชน์ หรือร่วมมือกับองค์กรการกุศลอื่นๆ เพื่อสาธารณประโยชน์
5. ไม่ดำเนินการเกี่ยวข้องกับการเมืองแต่ประการใด